Az anaerob organizmusok teljesen ellentétesek az aerob organizmusokkal, nem használják a diatómikus oxigént a növekedéshez, az anyagcseréhez és a differenciálódáshoz, ezek különböző vegyületekkel működnek, és alosztályozást adnak, ha az említett mikroorganizmusok egy piruvát nevű kémiai vegyülettel dolgoznak. Az anyagcsere fermentatív (erjesztést alkalmaznak), másrészt a piruváton kívül más anyag, ha azt mondja, hogy ez egy olyan szervezet, amely anaerob légzést gyakorol.
Az erjedés katabolikus folyamatokból származó kémiai energia megszerzéséből és egy szerves vegyület befejezetlen vagy hiányos oxidációjából áll, végterméke szerint alkoholtartalmú fermentációba sorolható, mivel etanolt generál, a tejsavas erjesztés során pedig tejsavat, vajsavas erjesztés, többek között; az anaerob légzés az elektronok transzportláncából áll, amely általában hasonló az aerob légzéséhez, de a végső akceptor helyett oxigén van, ebben az esetben bármilyen szervetlen természetű vegyületről van szó.
Ahogy vannak aerob baktériumok, léteznek olyan anaerob baktériumok is, amelyek oxigén nélkül is képesek élni, némelyikük megtalálható az emberi testben olyan helyeken, ahol nincs oxigén jelenléte, például a vastagbélben, ahol rothasztó baktériumként működnek. Az ürülék az oxigénnel szembeni ellenálló képessége szerint a következő kategóriába sorolható: kötelező anaerob baktériumok, ezek nem növekedhetnek olyan területeken, ahol oxigén van, mivel káros és megsemmisülést okozhat, az aerotoleráns baktériumok soha nem fognak oxigént használni anyagcsere-folyamataikhoz de oxigénes környezetben, fakultatív anaerobokban élhetAz oxigént használhatják végső elektron-akceptorként, de ha olyan környezetben vannak, ahol nincs oxigén, akkor a fermentációs utat használják.
