A molekula szó a latin "anyajegyek" szó kicsinyítője, ami tömeget jelent, tehát a molekula "kis tömeget" jelent. A molekula az unió vagy sor két vagy több atomot, amelyek lehetnek azonos vagy különböző, ha ezek az atomok egymástól az megváltoztatja a tulajdonságait az anyag.
A molekula stabil és elektromosan semleges rendszer, amely kémiai kötésekkel összekapcsolt két vagy több atom halmazából áll, amelyeket kovalens kötéseknek nevezünk. Ezek az atomok ugyanazok lehetnek, mint a hidrogén (H2) és az oxigén (O2) esetében, amelyek diatonikus molekulák, vagy különböző atomok által képezhetők , akárcsak a két hidrogénatomból álló víz (H2O). és az egyik oxigén- és metángáz (CH4), amelynek molekulájában négy hidrogénatom kapcsolódik az egyik szénatomhoz.
A molekulát a legkisebb résznek tekintik, amely az anyagból nyerhető, így megtarthatja kémiai tulajdonságait. A molekulák kialakulásának fő oka az, hogy vannak olyan atomok, amelyek hajlamosak elérni a minimális energiaállapotot, és ennek elérése érdekében ezt kovalens kötések révén teszi meg más, azonos állapotú atomokkal, ez a kötés nem oldódik fel könnyen, és ekkor születik egy molekula.
Egy anyagban az őket alkotó molekulák nem statikusak, éppen ellenkezőleg, állandó mozgásban vannak, amit molekuláris rezgésnek hívnak, ez pedig hajlító vagy feszítő lehet.
